Besteiro dimitió de sus cargos directivos tanto en el Partido como en la UGT en el mes de febrero de 1931
Besteiro se opuso claramente a que los socialistas convergieran con los republicanos en la crisis final de la Dictadura de Primo de Rivera y en la época de los gobiernos de Berenguer y Aznar. No quiso que el PSOE estuviera presente en el Pacto de San Sebastián frente a la postura favorable a entenderse con las fuerzas republicanas de Indalecio Prieto. Largo Caballero llegó a acusar a Besteiro y a sus seguidores, los “besteiristas”, fuertes en la Casa del Pueblo de Madrid, de boicotear la huelga general en Madrid en diciembre de 1930, y que había sido decretada por el Comité Revolucionario Republicano-Socialista para traer la República. Esta posición contraria a la que había adoptado el PSOE llevó a Besteiro a dimitir de sus cargos directivos tanto en el Partido como en la UGT en el mes de febrero de 1931.
A pesar de todo consiguió un acta de diputado en las elecciones generales de 1931. Además, salió elegido por una amplísima mayoría como presidente de las Cortes republicanas, que se constituyeron el 14 de julio. Le cupo el honor, por tanto, de estar al frente del legislativo cuando fue elaborada y aprobada la Constitución de la Segunda República. Permaneció en este cargo hasta el 9 de octubre de 1933.
Pero Besteiro se mantuvo firme en su idea de que los socialistas no debían colaborar con los republicanos en el gobierno, con las fuerzas burguesas porque eso comprometía la independencia del PSOE. El Congreso extraordinario de 1931 derrotó su propuesta. A pesar de esta derrota nuestro protagonista nunca dejaría de tener una base firme de apoyo en parte de las bases del Partido y del Sindicato. En este sentido, en 1932 volvió a ser nombrado presidente de la UGT, moderando su inicial rechazo a la participación política socialista. Sabemos que replicó a Amaro del Rosal sobre la inconveniencia de implantar el socialismo por la vía de la dictadura del proletariado, que podía estimular a la reacción. Besteiro experimentó en esos años un cambio en un sentido conservador y de moderación en medio de un clima de creciente tensión política y social. Si antes se había desmarcado de la senda de la negociación con los republicanos, ahora se estaba alejando claramente de la radicalización que estaban experimentando las dos organizaciones socialistas ante el acoso de la derecha, la caída del gobierno y la victoria electoral de los radicales y de la CEDA en el otoño de 1933, en un contexto internacional de auge del fascismo. En consecuencia, tuvo que dimitir de la presidencia de la UGT en febrero de 1934. Besteiro no participó en los preparativos de la Revolución de Octubre, a la que se opuso con vehemencia. La violencia no conduciría a nada positivo, a generar más violencia y a fracasar.
Besteiro inició un camino que le iba marginando de las posiciones de poder y de toma de decisiones en la UGT y en el PSOE. En abril de 1935 ingresó en la Academia de Ciencias Morales y Políticas con el discurso titulado Marxismo y Antimarxismo, que debe interpretarse en el contexto de su enfrentamiento con Largo Caballero.
En el proceso interno de elección de candidatos de la Agrupación Socialista de Madrid para la candidatura del Frente Popular en la capital Besteiro fue derrotado por Largo Caballero, aunque en una segunda vuelta pudo salir elegido por sus compañeros. Pero, curiosamente, Besteiro obtuvo mejores resultados que Largo en las elecciones. Consiguió ser el segundo mejor elegido de la candidatura del Frente Popular detrás de Azaña y el primero entre los socialistas.
