Tras el “sexenio democrático” para unos, o “sexenio revolucionario” para otros, la Restauración Borbónica trae consigo un nuevo Gobierno conservador y Cánovas del Castillo repone a Orovio en el Ministerio de Fomento. De la misma forma que el carril se acaba y el tonto sigue, Orovio publica un nuevo decreto contra la libertad de cátedra. La novedad es que esta vez no se conforma con suspender a los catedráticos disidentes, sino que los envía a las cárceles militares. La prisión militar de Santa Catalina de Cádiz es el destino de Giner de los Ríos.
Es primero, en estas prisiones militares y luego en diferentes reuniones en Cabuérniga, o en Toledo, donde Giner comienza a trabajar, junto a Gumersindo de Azcárate, Riaño, o González Linares, la idea de una Institución Libre de Enseñanza (ILE), que comenzará su andadura en 1876. La ILE será presidida desde 1880 por Giner, con la ayuda de un Bartolomé Cossio, que fue alumno primero, mano derecha siempre y sucesor de Giner al frente de la Institución.
El krausismo y la libertad de enseñanza confluyen en un ideal regeneracionista que busca en la enseñanza el camino para moralizar la política y la gestión pública. Herramienta imprescindible para combatir los males de España, reformar el Estado y crear una “Generación culta y laica, que gobierne los cambios desde las ideas y no desde las revoluciones o las guerras. En la ILE se fraguará una generación que marcará la vida de España, hasta ser aplastada, o conducida al exilio, interior o exterior, tras la Guerra Civil y la brutal represión franquista.
Recogiendo la herencia de los ilustrados españoles, Giner y sus compañeros van creando, en torno a la Institución Libre de Enseñanza, todo un sistema planetario. Crean el Museo Pedagógico Nacional a cargo de Bartolomé Cossio y Lorenzo Luzuriaga. Ponen en marcha la Junta de Ampliación de Estudios e Investigaciones científicas (precursores de los Erasmus y del Consejo Superior de Investigaciones Científicas actuales) y ponen al frente a Ramón y Cajal.
Fundan la Residencia de Estudiantes, dirigida por Alberto Jiménez Fraud y luego, la Residencia de Señoritas, a cargo de la institucionista María de Maeztu. El Centro de Estudios Históricos será dirigido por Menéndez Pidal, secundado por Américo Castro. El Centro Nacional de Ciencias Físico Naturales. Y, tras la muerte de Giner, la ILE seguirá impulsando proyectos como el Instituto Escuela, las Misiones Pedagógicas, o las Colonias Escolares.
Por lo pronto, en 1883, un grupo de alumnos y profesores de la Institución, inician un periplo que les llevará a recorrer la Sierra de Guadarrama, la costa cántabra, Asturias, León, Picos de Europa, La Coruña y más tarde Lisboa. La ”memorable excursión”. El interés de los institucionistas por la Sierra de Guadarrama, constituye el preámbulo del largo camino que conducirá a la declaración de ese espacio natural como Parque Nacional, por más que el proyecto haya quedado desnaturalizado, en manos de una derecha aguirrista y castiza, más atenta al negocio y el pelotazo, que a los valores culturales y naturales que la Sierra de Guadarrama representa.
Este es el ambicioso y descomunal proyecto educativo, imaginado y construido por Francisco Giner de los Ríos, a quien su incondicional Bartolomé Cossio define así: “A su espíritu en perpetua vibración, acompañaba un cuerpo pequeño y también en movimiento perpetuo, coronado de una nobilísima cabeza grande, con cara alargada, ojos castaños, de una extraña mezcla, según los momentos, entre bondadosos y agresivos; barba en punta, espesa y dura, que fue blanca desde los cuarenta años y hasta entonces negra como el pelo, que perdió muy joven. En conjunto, en color y en estructura, si se descuenta la energía de sus rasgos, recordaba a los santos de Ribera”.
Soñaban Giner y los suyos, una generación educada en los principios de la libertad, una amplia cultura, la coeducación de mujeres y hombres, la cooperación con las familias, la no separación entre la enseñanza elemental, secundaria, o universitaria, que deben regirse por la misma pedagogía activa, la conversación y el diálogo, la ausencia de castigos (sustituidos por la corrección y la reforma), el valor de la salud y la higiene y, por lo tanto, el contacto con la naturaleza.
Bajo estos principios se formaron las generaciones del escritor Leopoldo Alas Clarín, el regeneracionista Joaquín Costa, el republicano Azaña, o los socialistas Julián Besteiro, o Fernández de los Río. Antonio Machado y Juan Ramón Jiménez. María Moliner, María Zambrano, Eugenio D’ors, Severo Ochoa, Manuel de Falla, Alejandro Casona, Pedro Salinas. Y en su Residencia de Estudiantes, los Dalí, Lorca, Buñuel, Guillén o Altolaguirre, entre otros muchos.
En 1881 los liberales, encabezados por Sagasta, desbancan a los conservadores de Cánovas del Castillo. Giner de los ríos y sus compañeros recuperan sus cátedras. El nuevo Gobierno apoya el proyecto educativo de la Institución Libre de Enseñanza que, a partir de este momento, se convierte en referente de la educación en España y afianza su prestigio nacional y su influencia internacional.