Julián Zugazagoitica fue elegido concejal de Bilbao, emulando a su padre, en las decisivas elecciones municipales de abril de 1931. En los comicios para formar las Cortes Constituyentes se presentó por la provincia de Vizcaya. Al final, salió elegido en segunda vuelta en julio. En el Congreso formó parte de la Comisión de Marina.
En abril de 1932 pasó a dirigir El Socialista de forma interina, aunque en el XIII Congreso del PSOE fue confirmado oficialmente en el empleo. El Partido le presentó como candidato por Vizcaya-capital en las elecciones del otoño de 1933 pero no salió elegido.
Zugazagoitia tuvo un papel destacado en la Revolución de octubre de 1934. Por ese motivo ingresó en prisión, cumpliendo condena en la Modelo madrileña. En la cárcel escribió una de sus principales obras, Trabajos clandestinos, en el propio 1934. Esta obra ha permanecido inédita hasta el año 2005, cuando fue publicada con prólogo de José María Villarías Zugazagoitia. En las elecciones de febrero de 1936 sí conseguiría salir diputado por Vizcaya-capital.
Al estallar la guerra, Zugazagoitia siguió al frente del órgano oficial del Partido, y desempeñó durante unos meses, hasta finales de 1936, el cargo de vicepresidente de la Asociación de la Prensa de Madrid. Negrín le nombró ministro de Gobernación en el mes de mayo de 1937. Permaneció en esta responsabilidad hasta abril del año siguiente, para pasar a ser Secretario General del Ministerio de Defensa, cargo en el que estuvo hasta el final de la Guerra Civil. Desde octubre de 1938 formaría parte de la Diputación Permanente de las Cortes.
Zugazagoitia escribió un libro fundamental sobre la Guerra Civil, titulado Guerra y Vicisitudes de los Españoles, que podemos leer en una edición moderna a cargo de Santos Juliá y José María Villarías Zugazagoitia, publicado por Tusquets en su colección Tiempo de Memoria, en el año 2001. Fue escrito nada más terminar la guerra. Entre las muchas cuestiones que trata, siempre con una extremada lucidez, destacaría su visión de sus compañeros socialistas que tuvieron altas responsabilidades, especialmente Indalecio Prieto y Juan Negrín.
Nuestro protagonista consiguió salir de España y exiliarse en Francia. Pasó a residir en París y allí continuó con su labor periodística. Dirigió la revista Norte y colaboró en La Vanguardia, diario de Buenos Aires, donde comenzó a publicar sus escritos sobre la guerra civil. En Norte publicó su libro Madrid. Carranza 20.
Pero la derrota francesa ante los alemanes tendría terribles consecuencias para Zugazagoitia, como para tantos exiliados españoles que quedaron atrapados en Francia. La Gestapo le detuvo el día 27 de julio de 1940. Fue enviado a la cárcel de La Santé. Allí demostró una gran valentía al enfrentarse verbalmente a los nazis en los interrogatorios. En su detención tuvo mucho que ver el temible Pedro Urraca, el policía franquista que montó una red de agentes para buscar y detener a políticos republicanos.
Zugazagoitia fue entregado a la policía española el 31 de julio de 1940 junto con Lluís Companys, Joan Peiró y Francisco Cruz Salido. Fue trasladado a Madrid, permaneciendo en la Dirección General de Seguridad y en la cárcel de Porlier.
En octubre de 1940 fue sometido a un Consejo de Guerra, que le condenó a la pena de muerte, junto con Francisco Cruz Salido, Teodomiro Menéndez, Cipriano Rivas-Cherif, Miguel Salvador y Carlos Montilla. Todos menos Zugazagoitia y Cruz Salido consiguieron la conmutación de la pena. El día 9 de noviembre de 1940, en las tapias del Cementerio de La Almudena, Zugazagoitia y Cruz Salido fueron fusilados. El delito era el de rebelión.
