Besteiro siempre fue contrario a la resistencia, partidario del acuerdoy la negociación y de buscar la paz, desarrollando durante la guerra un feroz anticomunismo
Al estallar la guerra, Besteiro permaneció siempre en Madrid. No quiso desplazarse a Valencia cuando el gobierno de la República marchó a la capital mediterránea, ni aceptó irse de embajador a Argentina, aunque en 1937 representó a la República, por decisión de Azaña, en la coronación del rey Jorge VI y con la misión de forzar una intervención internacional para conseguir la paz. Se entrevistó con Anthony Eden, secretario de Exteriores, sin ningún éxito. También se vio con Léon Blum, el primer ministro francés, con el mismo resultado. Es importante destacar que a partir de esa misión Besteiro se enemistó con Negrín porque no le había dejado contarle nada de sus encuentros diplomáticos. Besteiro siempre fue contrario a la resistencia y siempre fue partidario del acuerdo, la negociación y de buscar la paz, desarrollando durante la guerra un feroz anticomunismo. Ese deseo estaría detrás de lo que ocurriría al final de la contienda cuando participaría en el golpe de Casado. Por otro lado, es importante destacar su delicadísimo estado de salud durante toda la guerra. Arrastraba una tuberculosis latente, que en el pasado pudo ir sobrellevando, pero la guerra, el trabajo, las tensiones y las privaciones hicieron que empeorara considerablemente.
En la capital sitiada y, a pesar de lo mal que se encontraba, quiso ser útil. Fue nombrado presidente del Comité de Reforma, Reconstrucción y Saneamiento
Cuando la situación militar de la República comenzó a ser muy difícil en 1938 decidió actuar en línea con su idea de terminar el conflicto. Se llegó a poner en contacto con personajes de la quinta columna, con falangistas clandestinos para intentar llega a un acuerdo. Estos elementos le animaron a que adquiriera una mayor responsabilidad en la República, que asumiera la jefatura del gobierno para conseguir ese acuerdo. Emprendió un viaje a Barcelona para negociar con Azaña la creación de un gobierno que buscara la paz pero aquello no prosperó. La visita fue, por otro lado, un calvario personal, porque su estado de salud se quebrantó de forma alarmante. Pero eso no impidió que Besteiro siguiera actuando en favor de terminar la guerra. Llegó a pensar que Franco instauraría una dictadura de viejo estilo, a lo Primo de Rivera, donde los socialistas podrían sobrevivir como había ocurrido en los años veinte. ¿Ceguera política, influencia de su dura enfermedad, endiosamiento, profundo humanismo contrario a la sangría de la guerra, feroz anticomunismo? Quizás un poco de todo podría aducirse para entender la postura de Besteiro, que cargó con una intensa y hasta violenta retórica contra Negrín, Álvarez del Vayo y Araquistáin, compañeros socialistas, porque según su opinión se habían puesto al servicio del comunismo.
Así pues, cuando el coronel Segismundo Casado dio el golpe al final del conflicto, en marzo de 1939, Besteiro se sumó al mismo y pasó a ocupar la responsabilidad de Exteriores en el Consejo Nacional de Defensa, después de rechazar presidirlo. El golpe buscaba la firma del armisticio, algo que, como es bien sabido, nunca estuvo en los planes de Franco, que siempre buscó la rendición incondicional y el aplastamiento del enemigo.
Besteiro se quedó en Madrid cuando los miembros del Consejo volaron hacia Valencia el 28 de marzo. Propuso al anarquista Melchor Rodríguez García como alcalde de Madrid, y al día siguiente se rindió.
Nuestro protagonista fue detenido en los sótanos del Ministerio de Hacienda el día 29 de marzo. Estaba en un lamentable estado de salud. En ese lugar estaba viviendo desde el día 5 de marzo, y desde allí se había dirigido a los madrileños por la radio durante aquel terrible e intenso mes final. Ingresó en la cárcel de Porlier.
